Os custos variam muito, dependente do tamanho da instalação e dos materiais escolhidos. Estruturas em betão são mais caros do que a impermeabilização com uma tela plástica especial – afinal o método mais comum para a construção de piscinas biológicas.

Com a base em cerca de 150 projectos realizados de piscinas biológicas em Portugal pode-se considerar um preço de orientação por metro quadrado construído varia entre 120 e 125 Euro (excluindo apenas o valor da água do primeiro enchimento).