Devido ao teor de calcário na água ou de plantas caducifolias na vizinhança da piscina biológica pode haver uma acumulação de sedimentos no fundo da parte de natação. Recomenda-se a limpeza a esse local quinzenalmente até mensalmente através de um aspirador para piscinas.

Normalmente as plantas não precisam de manutenção, porque as partes velhas podem cair na água, serão mineralizados com o tempo e fazem parte da alimentação de novas plantas.

Nunca se usa quaisquer aditivos químicos na água. Também não é possível, nem necessário, usar qualquer equipamento de desinfecção.