Numa piscina biológica a zona de banho tem que ser separada da zona com plantas. Pela primeira vez foram instaladas paredes em madeira. A foto mostra a piscina biológica de traçado arquitectónico com paredes de separação em madeira. De um modo geral, essa técnica aplica-se por razões técnicas sobretudo em piscinas biológicas de tamanho pequeno e de forma mais arquitectónica.

A separação da zona do banho da zona das plantas é uma das características mais óbvias de todas as piscinas com tratamento biológico. Isso impede que o movimento dos banhistas perturbe as plantas na zona de depuração ou até levante substratos.

Para as piscinas biológicas são conhecidas pelo menos duas formas de separação. O chamado flutuador, uma cortina de tela levantada estabilizada por uma bóia  tubular na parte superior, e o banco subaquático, uma parede de pedra forrada de tela.

Todas as formas de separação, sejam os flutuadores, as paredes de blocos forradas com tela ou sejam as paredes em madeira, todos têm em comum de terminarem 50 cm abaixo do nível da água, para manter o aspecto estético de um espelho de água só.