Piscinas biológicas, tal como os lagos naturais na natureza, são ecossistemas aquáticos colonizados por seres vivos. Os organismos que vivem na parte superficial da água, cientificamente chamada pelagial, ficam a nadar, boiar ou flutuar permanentemente na água. A comunidade característica do pelagial move-se numa forma flutuante e chama-se plankton, composta por espécies de fitoplankton ou zooplankton. Fitoplankton são microalgas, zooplankton são microanimais. Os últimos, já equipados com órgãos do tipo “antenas” com quais conseguem mover-se pela água, desempenham funções muito importante nas piscinas biológicas.
O zooplankton alimenta-se do fitoplâncton, ou seja de algas de tamanho microscópico. Caso que essas estabelecem colónias grandes, podem provocar água turva. A presença de zooplankton numa piscina biológica é assim beneficiário, porque estes seres vivos são muito eficazes na autodepuração de água. Trabalham incansavelmente no grazing, removendo e reduzindo as microalgas da água. O grande número de indivíduos compensa o tamanho destes animais, tanto que a água fica totalmente transparente e límpida.
Neste contexto, a presença de plantas macrófitas para a oxigenação de água é importante, porque o zooplankton precisa de uma água bem oxigenada para desenvolver e estabelecer grandes colónias a controlar as microalgas. Num metro cúbico de água podem viver até 600.000 indivíduos, invisível com olho nu e completamente inofensiva para a saúde humana. O zooplankton consegue mover-se livremente numa piscina biológica e ocupa todo o espaço disponível. Assim os microanimais marcam presença não só na zona das plantas, também estão muito ativos na zona de banho. Pode-se perceber como um filtro vivo mas invisível que mantém a água transparente, efeito mais do que bem-vindo para manter a qualidade de água balnear.