Os custos variam muito, dependente do tamanho da instalação, dos materiais e acabamentos escolhidos. Estruturas em betão são mais caros do que a impermeabilização com uma tela plástica especial – afinal o método mais comum para a construção de Piscinas Biológicas®.

Com a base em cerca de 200 projectos realizados de Piscinas Biológicas® em Portugal pode-se considerar um preço de orientação por metro quadrado construído de cerca de 135 Euro (excluindo apenas o valor da água do primeiro enchimento).