Em Portugal existe um vazio legal no que concerne à regulação da instalação e funcionamento de piscinas biológicas de uso público, não sendo aplicável o regime legal que regula a qualidade das águas balneares ou das piscinas de uso público.

Os parâmetros de avaliação da qualidade da água do regime legal das águas balneares interiores poderão ser demasiados permissivos, ao invés do regime legal e normativos aplicáveis às piscinas de uso público que poderão ser demasiado restritivos.

A instalação e o funcionamento de piscinas biológicas são totalmente diferentes das piscinas convencionais ou das águas balneares na natureza. Por exemplo no que se refere ao sistema de tratamento utilizado, no caso das piscinas convencionais, ou a renovação da massa de água no caso das águas balneares como praias fluviais. Consequentemente, uma adaptação da regras por analogia impede-se.

Face a esta necessidade, com base numa proposta de diretiva-guia, editada pela International Organization for natural bathing waters IOB, foram elaboradas as “Diretrizes para instalações de banho com tratamento biológico” pelo Grupo Ibérico de Aguas de Baño Naturalizadas GIABN, associação bi-nacional dos projetistas e construtores profissionais de piscinas biológicas na Península ibérica. Essas diretrizes agora são recomendada aos laboratórios a analisar águas de piscinas biológicas de uso turístico,  por carta da ARS Algarve, a contextualizar análises de água e sua interpretação correta. Assim, os laboratórios tem instrução como enquadrar valores de análise de água tratada por meios biológicos, bem como valores-limites a respeitar neste contexto.